2004年（平成16年）のコンテナ貨物の取扱量は2年連続の増加（前年比6.4%増）で、阪神・淡路大震災前の1994年（平成6年）実績の80%の水準でしかない。同年中に、大阪港と連携しながらコンテナ物流面での国際競争力強化を図るスーパー中枢港湾の指定を受け、ポートアイランド2期コンテナターミナルの一部（PC14-18バース）を対象に行政支援策が注入されている。
港湾施設面では順調に復興を遂げた神戸港ではあるが、震災の経験を記憶するために、港の一角には震災当時の状態を保存した神戸港震災メモリアルパークが設置されている。
なお、1907年（明治40年）?2003年（平成15年）には船舶との貨物提携輸送を行うために貨物駅の小野浜荷扱所?神戸港駅が港に設けられて運行されていた。
外航客船にはもっぱら神戸ポートターミナルに着岸させていた。2006年（平成18年）1月11日から中突堤旅客ターミナルに税関・入管・検疫の出入国機能を設けて着岸できるようにしている。
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812年（弘仁3年） 大輪田泊修築
1174年（承安4年） 経が島竣工
1397年（応永4年） 足利義満により兵庫が対明貿易の拠点となる
1619年（元和5年） 菱垣廻船の大坂・兵庫・江戸の航路開設
1799年（寛政11年） 高田屋嘉兵衛により択捉航路が開設され北海道物産の交易基地となる
1864年（元治1年） 勝海舟により神戸海軍操練所開設
1867年（慶応3年） 兵庫開港
1868年（慶応4年） 兵庫運上所（現神戸税関）業務開始。開港場が神戸港と呼ばれ始める